رغم عدم عضوية المغرب في الاتحاد الإفريقي، فقد عالج قضية الصحراء خلال القمة التي احتضنتها غينيا الإستوائية وانتهت بتعيين مبعوث خاص للاتحاد في نزاع الصحراء . ويؤكد هذا التطور انخراط الاتحاد الإفريقي في هذا النزاع رغم تحفظ الرباط، ويجري في ظل رئاسة موريتانيا له.
و من شأن هذه القضية أن تزج بالرئيس الموريتاني الذي ترأس الاجتماع في زوبعة تأزيم العلاقات بين المغرب و موريتانيا مجددا.
واحتضنت مالابو عاصمة غينيا الاستوائية القمة 23 للاتحاد الافريقي التي شهدت مشاركة عدد من رؤساء الدول الإفريقية ، و تناولت القمة نزاع الصحراء، ومن ضمن القرارات المفاجئة المتخذة تعيين مبعوث خاص للاتحاد الإفريقي في نزاع الصحراء وهو الرئيس السابق للموزامبيق جواكين شيسانو أحد مؤيدي البوليساريو تاريخيا.
ويتحفظ المغرب على أي دور للاتحاد الإفريقي مند مدة انطلاقا من أنه طرف في النزاع بسبب اعترافه بما يسمى “الجمهورية العربية الصحراوية الديمقراطية” مند الثمانينات بطرق ملتوية و مشبوهة، وهذا من أسباب الخلاف مع كريستوفر روس.